Dalam pandangan seorang Muslim, semua ilmu berasal dari sumber yang sama, yaitu Allah. Ilmu-ilmu yang berbasis wahyu, dan ilmu-ilmu empiris yang bersumber dari observasi tidak bisa dipertentangkan. Kedua jenis ilmu itu bukanlah dua hal yang saling menafikan. Akidah tentang sifat Allah Yang Mahatahu mengharuskan kita untuk memandang semua ilmu, secara ontologis, sebagai satu kesatuan, ilmu yang berasal dari Allah Swt.
Pengetahuan melalui indera, akal dan kalbu mengharuskan adanya tiga metode untuk memperoleh ilmu, yaitu tajribi, burhani dan ‘irfani. Dengan ketiga metode tersebut, sebagai sebuah kesatuan yang organik, manusia dimungkinkan untuk bisa menangkap semua realitas atau tingkat wujud dari yang bersifat materi, imajinal, sampai pada wujud yang immaterial atau spiritual.
Bagi ilmuwan Muslim, alam tidak lain dari tanda-tanda Tuhan, yang dengannya manusia diantar ke hadirat-Nya. Tujuan penelitian ilmu, tidak sekedar menjawab rasa ingin tahu, tetapi dalam rangka mencari jejak-jejak Ilahi.